Помутнение, вызванное дикими дрожжами, по структуре тонкое. Оно оседает очень медленно или вообще не осаждается, а если и образует осадок, то легкий, хлопьевидный, который быстро поднимается от малейшего взбалтывания. При этом пиво приобретает посторонний привкус различного характера в зависимости от интенсивности помутнения: фруктовый, терпкий и т. д. Запах пива также изменяется. Дикие дрожжи активируются, как правило, только тогда, когда деятельность культурных дрожжей приостанавливается, т. е. в аппаратах дображивания. Возникновение бактериального помутнения свидетельствует о серьезных недостатках в биологической чистоте производства. Это помутнение в пиве бывает обычно очень тонким, часто в виде вуали, и, как правило, оно не осаждается. Вкус пива в этом случае непоправимо изменяется. Бактериальные загрязнения вызываются чаще всего палочковидными и кокковидными молочнокислыми бактериями. Последние образуют тетрады, называемые пивной сарциной. Палочковидные молочнокислые бактерии при сбраживании сахаров образуют молочную, уксусную и муравьиную кислоты. Помутнение, вызванное этими бактериями, отличается сильным шелковистым блеском в период наибольшей его интенсивности, затем оно уменьшается за счет постепенного осаждения частиц и на дне появляется легкий осадок. Повышенная кислотность пива, замутненного молочнокислыми бактериями, неприятно отражается на вкусе тогда, когда образуется очень много молочной кислоты. Пивная сарцина хорошо размножается без доступа кислорода. Помутнение, вызванное педиококками, проявляется в опалесценции пива. При сильном загрязнении пивной сарциной пиво приобретает неприятно сладкие вкус и запах от повышенного содержания диацетила. Напиток в этом случае считается непригодным к употреблению. Этот вид помутнения относится к наиболее опасным биологическим недостаткам пива и встречается чаще у темных сортов напитка, чем у светлых. Помутнение, вызванное уксуснокислыми бактериями, бывает редко. Как типичные аэробы они могут размножаться в сильно аэрированном или негерметично закрытом пиве. Это помутнение выражается в опалесценции, без возникновения осадка. Вкус и запах пива при этом быстро ухудшаются. Из плесени наиболее опасными для пива являются обнаруженные в ячмене плесени Fusarium, Rhizopus, Alternaria, которые становятся причиной фонтанирования, т. е. быстрого выброса пива из бутылки после открывания пробки (эффект гашинга). Возможно заражение пива бактериями группы кишечных палочек. Они могут попасть в пиво при использовании недостаточно чистой воды, воздуха, от загрязненных рук рабочих. Пиво в этом случае приобретает сладковатый фруктовый привкус и запах вареной капусты. Содержание дрожжей и бактерий в 1 см3 пива после возникновения помутнения примерно одинаковое и составляет 600 тыс. клеток, в 1 см3 осадка мутного пива содержится до 260 млн дрожжевых и 200 тыс. бактериальных клеток. Количество дрожжей в 1 см3 пива после выпадения осадка доходит до 700 тыс. клеток, содержание бактерий - до 2,5 тыс. клеток. В 1 см3 осадка содержится до 22 млн дрожжевых и до 10 тыс. бактериальных клеток.
Инфицирование пива микроорганизмами на отдельных стадиях технологического процесса происходит от различных источников, которыми могут быть: вода, если в ней содержатся микроорганизмы, обладающие способностью развиваться в пиве и сусле; воздух, особенно загрязненный пылью зерновых складов, содержащий высохшие остатки дрожжей, сусла, пива; оборудование и коммуникации; фильтрующие и вспомогательные материалы; одежда, обувь, руки рабочих. К одному из главных источников загрязнения пива относятся производственные дрожжи.
Применение хмеля в качестве антисептика, быстрое охлаждение сусла перед сбраживанием, контроль за температурой брожения и хранения дрожжей являются неэффективными при большой обсемененности дрожжей. Это объясняется тем, что при повторном применении дрожжей в течение ряда генераций степень их биологической чистоты постепенно ухудшается, поскольку на поверхности дрожжей, осевших в период главного брожения на дно бродильного аппарата, адсорбируются не только механические взвеси, но и различные микроорганизмы. Перед повторным использованием дрожжи пропускают через вибросито и промывают холодной водой. При этом они освобождаются лишь от посторонних крупных частиц и части сопутствующих микроорганизмов, непрочно связанных с поверхностью клеток. Основную часть бактерий отделяют, промывая дрожжи растворами различных минеральных кислот, щелочей, антибиотиков и других веществ, обладающих бактерицидным действием. Строгое соблюдение определенных технологических приемов и тщательное поддержание санитарных условий производства позволяют вырабатывать пиво повышенной стойкости.